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El área de mayor singularidad y biodiversidad de flora tanto de la ciudad, como del Archipiélago se localiza en el Parque Rural de Anaga. En la ciudad, especialmente en el Parque, coexisten 21 especies endémicas locales (verode volkerii, tajinaste simples, margarita lemsii, etc.), 64 endemismos insulares, 11 especies recogidas en el Catálogo Nacional de Especies Amenazadas, 6 especies afectadas por la Directiva Hábitats 92/43 CEE, otras 6 especies afectadas por el Convenio de Berna, 45 especies afectadas por la Lista Roja de Flora Vascular y 11 especies invasoras que representan o pueden representar peligro, como son: las piteras, los eucaliptos, las pencas, los geranios, el rabo de gato, la acacia negra, etc.
En el Parque Rural de Anaga y en algunas zonas de la ciudad, también conviven diferentes tipos de bosque y vegetación, tales como: tarajales, baleras, bosques, esclerófilos, palmerales, matorrales de aulagas y salados, matorrales de incienso, jarales, Monteverde, fayal-brezal, zarzal, etc.
Las especies más interesantes y al mismo tiempo más amenazadas en la zona urbanizada son los tabaibales y cardonales relícticos de la zona sur del municipio, que también se extienden por las laderas de los barrancos de la periferia meridional del Parque Rural.
Pese a que Anaga se localiza por debajo del límite del pinar, en el macizo aparece un pequeño pinar, presumiblemente de origen no antrópico, constituido por Pinus canariensis, que coloniza la ladera de solana de un pitón fonolítico: el roque de Los Pinos. Asociada al mismo aparece una especie de jara endémica, Cistus chinamadensis, así como diversos elementos termófilos.
Los tarajales costeros, ya mencionados, son una vegetación halófila propia de desembocaduras de barrancos y caracterizada por la masiva presencia del tarajal (Tamarix canariensis). A veces conforma bosquetes cerrados casi monoespecíficos, con orla de otras halófilas como el espino (Lycium intricatum) y el salado (Schizogyne sericea).
Además de los elementos autóctonos, endémicos o no, de la flora del Parque, habría que citar la presencia de numerosas especies introducidas a raíz de la conquista de la Isla, a finales del S.XV, y que se han asilvestrado. Éstas se distribuyen con éxito desigual por los diversos hábitat del Parque, y especialmente en ambientes nitrófilos y ruderales. Podrían citarse como manifestaciones más importantes las repoblaciones de Pinus radiata de El Moquinal, Solís y La Orilla y de Pinus pinea en Casas de la Cumbre, y los Eucalyptus globulus de Jardina, el Llano de los Loros y Cabezo del Viento, entre otros lugares.
La Mayor diversidad faunística de la ciudad se concentra también en el entorno de los asentamientos rurales del Parque Rural de Anaga. Según el Banco de Datos informatizado de la Fauna de Invertebrados del Parque, habitan en esta zona 1.910 especies, de las que 512 viven exclusivamente en Canarias, además de otras 239 especies de invertebrados que son endémicos de la isla y 95, que son exclusivas del Parque.
En el Macizo de Anaga se encuentra representada una gran variedad de hábitats (rupícolas, acuícolas, crípticos, forestales, etc.), que se distribuyen por un rango altitudinal de casi mil metros. Esto posibilita que aquí se encuentren prácticamente todos los grupos animales conocidos de Canarias. Los moluscos constituyen el grupo más interesante de los invertebrados no artrópodos, debido a su elevada tasa de endemicidad. Los Roques de Anaga tienen gran importancia para las aves marinas ya que albergan seis especies nidificantes, dos de las cuales (el Petrel de Bulwer y el Paíño de Madeira) tienen aquí sus efectivos más numerosos.
De entre las restantes especies de Anaga, la Paloma Turqué y la Rabiche son endemismos canarios, el Vencejo Unicolor, el Canario y el Bisbita Caminero son endemismos macaronésicos y, ya a nivel subespecífico, hay un gran número de endemismos tanto canarios como macaronésicos. Las principales amenazas para la avifauna son la caza furtiva y la destrucción de hábitats.
En Anaga se encuentran cinco especies de quirópteros: el murciélago montañero (Pipistrellus savii) el murciélago de Madeira (Pipistrellus maderensis) y el murciélago rabudo (Tadarida teniotis) usan para su descanso grietas y cavidades en barrancos y acantilados, mientras que el Nóctulo pequeño (Nyctalus leisleri) y el murciélago de bosque (Barbastella barbastellus) utilizan huecos en árboles y construcciones abandonadas. Todas estas especies han visto reducidos sus efectivos considerablemente en las últimas décadas, sólo al murciélago de Madeira se le puede todavía ver con relativa frecuencia revoloteando en torno al alumbrado público de algunas poblaciones del medio rural.
Con relación a los peces, la única especie que puede considerarse autóctona es Anguilla anguilla, un migrador que tras reproducirse en el mar se adentra en algunos cursos de agua dulce. Su situación es aparentemente buena en los barrancos de Igueste de San Andrés y de Afur. Entre las causas de su regresión podemos citar las actividades que alteran la calidad de las aguas o la construcción de presas en los cauces de los barrancos. Esta especie está calificada a nivel nacional como "vulnerable".
En los fondos de fango y arena encontramos salmonetes (Mullus spp.), chuchos (Dasyatis pasticana), torpedos (Torpedo spp.), angelotes (Sguatina spp.), cazones (Mustelus mustelus y Galeorhinus gleus) y la merluza canaria (Mora moro). Respecto a las especies en peligro, la Lista Roja de Especies Amenazadas, incluye 11 especies que habitan en el término municipal. Como especies invasoras destacan el cangrejo de río que reside en los ambientes más poblados del municipio.
El término municipal de Santa Cruz de Tenerife cuenta con cuatro espacios naturales protegidos: el Parque Rural de Anaga, la Reserva Natural Integral de Ijuana, la Reserva Natural Integral de Pirajal y la Reserva Natural Integral de los Roques de Anaga, los tres últimos se engloban en el primero.
Situado al noroeste de la isla de Tenerife, ofrece al visitante la oportunidad de disfrutar de un paisaje singular, fruto de una larga y armoniosa convivencia del hombre con un medio natural rico y diverso. Los brumosos bosques de sus cumbres, los numerosos roques, los dispersos caseríos tradicionales y especialmente, el ancestral sistema de bancales esculpidos en las laderas de sus barrancos, son algunos de los elementos que le dan entidad a este paisaje.
Las cumbres están cubiertas de una masa boscosa esenciales en la protección de suelos y recarga de acuíferos, que se distribuye por la cabecera de la mayoría de los abundantes barrancos del macizo. La laurisilva de cumbres, el fayal-brezal, los sabinares de medianías y los cardonales-tabaibales, constituyen una excelente muestra de su hábitat. Para especies como las palomas de laurisilva, este bosque constituye un hábitat de importancia vital para su biología, así como para muchas de las aves que nidifican en los roques de Anaga.
Gran parte del Macizo de Anaga tiene la consideración de Zona especial de protección para las Aves (ZEPA), por la presencia en las zonas forestales del gavilán y de dos palomas endémicas, así como por ser lugar de nidificación de las aves marinas Petrel de Bulwer, pardela chica, pardela cenicienta y paíño de Madeira.
Esta reserva alberga la mejor muestra de cardonal-tabaibal de Tenerife. Cuenta con una alta biodiversidad endémica, con muchas especies protegidas y unas pocas consideradas como amenazadas. Los barrancos constituyen elementos geomorfológicos destacados, en cuyos interfluvios sobresale el roque de Juan Bay, un pitón sálico cuyo conducto de emisión ha quedado descubierto por la erosión marina.
En conjunto, la reserva representa un paisaje erosivo, agreste y lleno de contrastes, en una de las zonas que podemos considerar más naturales de la isla. Esta reserva se enmarca dentro del Parque Rural de Anaga.
Los roques son un enclave de gran interés científico, geológico y geomorfológico en buen estado de conservación que destaca por tratarse de elementos singularizados de valor paisajístico. Alberga poblaciones de especies amenazadas y protegidas por normativa regional y convenios internacionales, como el corazoncillo (Lotus maculatus); constituye además una muestra representativa de hábitat de islote y es una zona de vital importancia para especies como el lagarto (Gallotia galloti insulanagae), que tiene aquí su única población conocida, y para algunas aves.
Esta Reserva reúne una de las mejores representaciones de flora del período terciario. La laurisilva de Anaga es una de las mejores y más rica en especies de Canarias, y el sector delimitado por esta reserva es de los mejor conservados.
La masa forestal juega un papel fundamental en la recarga del acuífero subterráneo por su alta capacidad de condensación de la humedad transportada por los vientos alisios, a lo que hay que unir su facultad protectora del suelo ante la erosión.
La existencia de muchas especies endémicas, varias de las cuales están amenazadas y la mayor parte protegidas por la normativa regional, acrecienta su importancia, sobre todo cuando sólo se conocen en este lugar. Para la ornitofauna, la reserva es un magnífico refugio donde nidifican muchas especies.
Por otro lado, los roques de Chinobre y Anambro, que limitan la reserva por el sur, constituyen sendos elementos singularizados del paisaje, de interés científico, geológico y geomorfológico.
La costa del municipio está cubierta en gran parte por las instalaciones portuarias, aunque hay tramos del litoral dedicados al ocio como la playa de Las Teresitas, el Parque Marítimo César Manrique y, en un futuro, el Parque Marítimo de Añaza.
La península de Anaga es geológicamente una de las zonas más antiguas de la isla. Consiste en una abrupta cordillera de cumbres recortadas de las cuales descienden profundos valles y barrancos que van hasta el mar. Las costas son altos acantilados, de forma que muchas de las playas que se encuentran en las desembocaduras de los valles sólo son accesibles por mar o después de unas cuantas horas de marcha a pie por veredas que ofrecen impresionantes vistas sobre los precipicios. El punto más alto de Anaga es la Cruz de Taborno y se encuentra a 1.024 metros sobre el nivel del mar.
Hubo un tiempo en el que el litoral de Santa Cruz estaba formado por pequeñas playas de arenas negras o de piedras, que con el tiempo fueron dejando lugar a las instalaciones portuarias. Entre los años 30 y los 70, el Balneario de Santa Cruz, con su playa y sus piscinas, fue el gran centro de encuentro de la ciudad con el mar.
Las playas actuales se encuentran a las afueras de la ciudad. La playa de Las Teresitas es la más popular de Santa Cruz. Se encuentra a unos 7 kilómetros del centro de la ciudad, siguiendo la Avenida Marítima que lleva al barrio de San Andrés.Acondicionada y ampliada en 1973, con arena traída del Sáhara, tiene 1,5 kilómetros y un arrecife artificial que cubre la marea alta, protege la playa del oleaje y las corrientes. Es una playa para toda la familia, segura, limpia y dotada de unos servicios que se verán ampliados muy pronto, con el proyecto del arquitecto francés Dominique Perrault, para la urbanización y remodelación del entorno.
Más allá de Las Teresitas, la carretera de la costa continúa en dirección a Igueste, trepando los acantilados y ofreciendo impresionantes vistas como la del mirador de la Punta de los Órganos. Dos kilómetros adelante, un desvío a la derecha lleva a la playa de Las Gaviotas. Esta playa, de arenas negras volcánicas, que se cubre en marea alta, está abierta al oleaje. La playa de Las Gaviotas se estableció, por costumbre popular reconocida por las autoridades, como playa nudista 'a voluntad'. Las playas de Roque de las Bodegas, Almáciga y Benijo se encuentran al norte de la Península de Anaga, más allá de Taganana. Si no se respetan las señales y avisos, estas playas completamente abiertas a los vientos alisios pueden ser poco seguras, dado el fuerte oleaje y las corrientes. Sin embargo, son bellísimas. Su arena es negra, las grandes olas forman muchas veces espectaculares rompientes, y están enmarcadas por altos acantilados, arrecifes y grandes islotes. En la costa del municipio se enclava una de las áreas propuestas como Lugares de Importancia Comunitaria a incluir en la Red Natura 2000, el Sebadal de San Andrés. Asimismo las aguas de la zona norte, desde Punta del Frontón hasta Punta de Antequera, se incluyen en la propuesta de Reserva Marina de Anaga al objeto de conservar los recursos pesquero-marineros y los ecosistemas presentes.
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